Dr.Evil (Mike Myers) und sein winziger Klon Mini-Me haben es geschafft, aus dem Gefängnis zu entkommen und sich mit einem neuen Supergegner zu verbünden, um die Weltherrschaft zu erringen: Goldmember (Mike Myers). Das bedeutet wieder viel Arbeit für Superagent Austin Powers (Mike Myers), denn seine Gegner reisen auch weiterhin durch die Zeit und entführen aus dem Jahr 1957 seinen Vater Nigel Powers (Michael Caine), seinerzeit der beste Agent seiner Majestät. Aber Austin gibt nicht auf und versichert sich der Hilfe seiner alten Freundin Foxxy Cleopatra (Beyonce Knowles), um das teuflische Trio zu besiegen und seinen Vater zu retten.