Mit einer revolutionären Technologie, die seine genetischen Erinnerungen entschlüsselt, erlebt Callum Lynch (Michael Fassbender) die Abenteuer seines Vorfahren Aguilar im Spanien des 15. Jahrhunderts. Callum erkennt, dass er von einem mysteriösen Geheimbund, den Assassinen, abstammt und sammelt unglaubliches Wissen und Fähigkeiten, um sich dem unterdrückenden und mächtigen Templerorden in der Gegenwart entgegenzustellen.