Zehn Jahre nachdem ein Laborvirus den Schimpansen Caesar hochintelligent und zum Befreier anderer eingesperrter Affen machte, hat genau dieser Virus die Menschen global dezimiert. Angeführt von Caesar haben die Affen in den Wäldern eine Gemeinschaft gegründet, und setzt sich dort ihre Evolution fort. Als Menschen in ihr Revier eindringen, um einer Kolonie von Überlebenden in San Francisco wieder Strom zu bringen, entstehen Spannungen auf beiden Seiten, trifft die Vernunft von Caesar und Wissenschaftler Malcolm auf aggressive Kriegstreiber.