Während des Zweiten Weltkriegs rettet Logan alias Wolverine beim Atombombenabwurf auf Nagasaki dem japanischen Soldaten Yashida das Leben. Als dieser Jahre später im Sterben liegt, lässt er Logan von der jungen Ninja Yukio zu ihm nach Tokio bringen. Logan, der sich um seine große Liebe Jean Grey trauernd in die kanadische Wildnis zurückgezogen hat, folgt ihr widerwillig. In Tokio bietet Yashida Logan an, ihn im Austausch gegen seine Selbstheilungskräfte von seiner Unsterblichkeit zu befreien, doch Logan lehnt ab. Noch in der Nacht stirbt Yashida und hinterlässt sein ganzes Vermögen seiner Enkeltochter Mariko. Als diese während der Beerdigung von Yakuza-Killern entführt wird, greift Logan ein. Zwar kann er mit Mariko fliehen, muss jedoch feststellen, dass seine Selbstheilungskräfte schwächer werden. Auf der Flucht sieht sich Wolverine daher erstmals mit seiner eigenen Sterblichkeit konfrontiert und muss eine schwerwiegende Entscheidung treffen.