An sich wollte Jason Bourne (Matt Damon) nur in Frieden mit seiner großen Liebe Marie Kreutz (Franka Potente) in einem entlegenen Winkel in Goa leben. Doch dann läuft eine CIA-Operation in Berlin schief, es gibt zwei Tote und Hinweise deuten auf Jason als Täter hin. Darauf bricht der Terror wieder auf schmerzliche Weise in Jasons Leben ein. Von der CIA verfolgt fasst Jason einen Entschluss: Er will mit Hilfe seiner früheren Agentenkenntnisse zurückschlagen...