Nach den Ereignissen des ersten Teils und dem Tod seines Mentors Bruttenholm arbeitet Hellboy (Ron Perlman) immer noch für das Bureau of Paranormal Research and Defense, um die Menschen vor höllischen oder dämonischen Gefahren zu beschützen, auch wenn er selbst ein wenig Hilfe brauchen könnte, denn in seiner Beziehung zu seiner Freundin Liz (Selma Blair) steht es nicht immer zum Besten.
Just zu dieser Zeit erwächst eine neue Bedrohung aus der Unterwelt, denn vor langer Zeit schloß der König der Elfen (Roy Dotrice) einen Friedenspakt, nachdem es einen blutigen Krieg zwischen Elfen und Menschen gegeben hatte und die mechanische 'goldene Arme' Tod und Schrecken unter den Menschen gesät hatte. Die Elfen zogen sich zurück, sehr zum Mißfallen des Königssohns Nuada. Der hält nun die Zeit für gekommen, die als Zeichen des Paktes zerbrochene Königskrone wieder zusammen zu setzen und die goldene Armee zu reaktivieren. Prompt brechen fremde Wesen aus der Unterwelt in unsere Realität ein und Hellboy, Liz sowie ihre Mitstreiter Abe Sapien und der neue Agent Johann Krauss, ein Wesen aus ektoplasmischer Energie haben bald alle Hände voll zu tun, um den mörderischen Krieg zu verhindern...